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Consortium of Swiss Academic Libraries

HAMAP in 2013, new developments in the protein family classification and annotation system

Pedruzzi, Ivo ; Rivoire, Catherine ; Auchincloss, Andrea H. ; Coudert, Elisabeth ; Keller, Guillaume ; de Castro, Edouard ; Baratin, Delphine ; Cuche, Béatrice A. ; Bougueleret, Lydie ; Poux, Sylvain ; Redaschi, Nicole ; Xenarios, Ioannis ; Bridge, Alan

In: Nucleic Acids Research, 2013, vol. 41, no. D1, p. D584-D589

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Consortium of Swiss Academic Libraries

UniPathway: a resource for the exploration and annotation of metabolic pathways

Morgat, Anne ; Coissac, Eric ; Coudert, Elisabeth ; Axelsen, Kristian B. ; Keller, Guillaume ; Bairoch, Amos ; Bridge, Alan ; Bougueleret, Lydie ; Xenarios, Ioannis ; Viari, Alain

In: Nucleic Acids Research, 2012, vol. 40, no. D1, p. D761-D769

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Consortium of Swiss Academic Libraries

HAMAP in 2015: updates to the protein family classification and annotation system

Pedruzzi, Ivo ; Rivoire, Catherine ; Auchincloss, Andrea H. ; Coudert, Elisabeth ; Keller, Guillaume ; deCastro, Edouard ; Baratin, Delphine ; Cuche, Béatrice A. ; Bougueleret, Lydie ; Poux, Sylvain ; Redaschi, Nicole ; Xenarios, Ioannis ; Bridge, Alan

In: Nucleic Acids Research, 2015, vol. 43, no. D1, p. D1064-D1070

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Consortium of Swiss Academic Libraries

New and continuing developments at PROSITE

Sigrist, Christian J. A. ; de Castro, Edouard ; Cerutti, Lorenzo ; Cuche, Béatrice A. ; Hulo, Nicolas ; Bridge, Alan ; Bougueleret, Lydie ; Xenarios, Ioannis

In: Nucleic Acids Research, 2013, vol. 41, no. D1, p. D344-D347

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Consortium of Swiss Academic Libraries

The IntAct molecular interaction database in 2012

Kerrien, Samuel ; Aranda, Bruno ; Breuza, Lionel ; Bridge, Alan ; Broackes-Carter, Fiona ; Chen, Carol ; Duesbury, Margaret ; Dumousseau, Marine ; Feuermann, Marc ; Hinz, Ursula ; Jandrasits, Christine ; Jimenez, Rafael C. ; Khadake, Jyoti ; Mahadevan, Usha ; Masson, Patrick ; Pedruzzi, Ivo ; Pfeiffenberger, Eric ; Porras, Pablo ; Raghunath, Arathi ; Roechert, Bernd ; Orchard, Sandra ; Hermjakob, Henning

In: Nucleic Acids Research, 2012, vol. 40, no. D1, p. D841-D846

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Consortium of Swiss Academic Libraries

The SwissLipids knowledgebase for lipid biology

Aimo, Lucila ; Liechti, Robin ; Hyka-Nouspikel, Nevila ; Niknejad, Anne ; Gleizes, Anne ; Götz, Lou ; Kuznetsov, Dmitry ; David, Fabrice P.A. ; van der Goot, F. Gisou ; Riezman, Howard ; Bougueleret, Lydie ; Xenarios, Ioannis ; Bridge, Alan

In: Bioinformatics, 2015, vol. 31, no. 17, p. 2860-2866

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Consortium of Swiss Academic Libraries

Toward community standards in the quest for orthologs

Dessimoz, Christophe ; Gabaldón, Toni ; Roos, David S. ; Sonnhammer, Erik L. L. ; Herrero, Javier ; Altenhoff, Adrian ; Apweiler, Rolf ; Ashburner, Michael ; Blake, Judith ; Boeckmann, Brigitte ; Bridge, Alan ; Bruford, Elspeth ; Cherry, Mike ; Conte, Matthieu ; Dannie, Durand ; Datta, Ruchira ; Dessimoz, Christophe ; Domelevo Entfellner, Jean-Baka ; Ebersberger, Ingo ; Gabaldón, Toni ; Galperin, Michael ; Herrero, Javier ; Joseph, Jacob ; Koestler, Tina ; Kriventseva, Evgenia ; Lecompte, Odile ; Leunissen, Jack ; Lewis, Suzanna ; Linard, Benjamin ; Livstone, Michael S. ; Lu, Hui-Chun ; Martin, Maria ; Mazumder, Raja ; Messina, David ; Miele, Vincent ; Muffato, Matthieu ; Perrière, Guy ; Punta, Marco ; Roos, David ; Rouard, Mathieu ; Schmitt, Thomas ; Schreiber, Fabian ; Silva, Alan ; Sjölander, Kimmen ; Škunca, Nives ; Sonnhammer, Erik ; Stanley, Eleanor ; Szklarczyk, Radek ; Thomas, Paul ; Uchiyama, Ikuo ; Van Bel, Michiel ; Vandepoele, Klaas ; Vilella, Albert J. ; Yates, Andrew ; Zdobnov, Evgeny ; Dessimoz, Christophe ; Gabaldón, Toni ; Roos, David S. ; Sonnhammer, Erik L. L. ; Herrero, Javier ; Altenhoff, Adrian ; Apweiler, Rolf ; Ashburner, Michael ; Blake, Judith ; Boeckmann, Brigitte ; Bridge, Alan ; Bruford, Elspeth ; Cherry, Mike ; Conte, Matthieu ; Dannie, Durand ; Datta, Ruchira ; Dessimoz, Christophe ; Domelevo Entfellner, Jean-Baka ; Ebersberger, Ingo ; Gabaldón, Toni ; Galperin, Michael ; Herrero, Javier ; Joseph, Jacob ; Koestler, Tina ; Kriventseva, Evgenia ; Lecompte, Odile ; Leunissen, Jack ; Lewis, Suzanna ; Linard, Benjamin ; Livstone, Michael S. ; Lu, Hui-Chun ; Martin, Maria ; Mazumder, Raja ; Messina, David ; Miele, Vincent ; Muffato, Matthieu ; Perrière, Guy ; Punta, Marco ; Roos, David ; Rouard, Mathieu ; Schmitt, Thomas ; Schreiber, Fabian ; Silva, Alan ; Sjölander, Kimmen ; Škunca, Nives ; Sonnhammer, Erik ; Stanley, Eleanor ; Szklarczyk, Radek ; Thomas, Paul ; Uchiyama, Ikuo ; Van Bel, Michiel ; Vandepoele, Klaas ; Vilella, Albert J. ; Yates, Andrew ; Zdobnov, Evgeny

In: Bioinformatics, 2012, vol. 28, no. 6, p. 900-904

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Consortium of Swiss Academic Libraries

pfsearchV3: a code acceleration and heuristic to search PROSITE profiles

Schuepbach, Thierry ; Pagni, Marco ; Bridge, Alan ; Bougueleret, Lydie ; Xenarios, Ioannis ; Cerutti, Lorenzo

In: Bioinformatics, 2013, vol. 29, no. 9, p. 1215-1217

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Consortium of Swiss Academic Libraries

Rhea—a manually curated resource of biochemical reactions

Alcántara, Rafael ; Axelsen, Kristian B. ; Morgat, Anne ; Belda, Eugeni ; Coudert, Elisabeth ; Bridge, Alan ; Cao, Hong ; de Matos, Paula ; Ennis, Marcus ; Turner, Steve ; Owen, Gareth ; Bougueleret, Lydie ; Xenarios, Ioannis ; Steinbeck, Christoph

In: Nucleic Acids Research, 2012, vol. 40, no. D1, p. D754-D760

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Consortium of Swiss Academic Libraries

The UniProt-GO Annotation database in 2011

Dimmer, Emily C. ; Huntley, Rachael P. ; Alam-Faruque, Yasmin ; Sawford, Tony ; O'Donovan, Claire ; Martin, Maria J. ; Bely, Benoit ; Browne, Paul ; Mun Chan, Wei ; Eberhardt, Ruth ; Gardner, Michael ; Laiho, Kati ; Legge, Duncan ; Magrane, Michele ; Pichler, Klemens ; Poggioli, Diego ; Sehra, Harminder ; Auchincloss, Andrea ; Axelsen, Kristian ; Blatter, Marie-Claude ; Boutet, Emmanuel ; Braconi-Quintaje, Silvia ; Breuza, Lionel ; Bridge, Alan ; Coudert, Elizabeth ; Estreicher, Anne ; Famiglietti, Livia ; Ferro-Rojas, Serenella ; Feuermann, Marc ; Gos, Arnaud ; Gruaz-Gumowski, Nadine ; Hinz, Ursula ; Hulo, Chantal ; James, Janet ; Jimenez, Silvia ; Jungo, Florence ; Keller, Guillaume ; Lemercier, Phillippe ; Lieberherr, Damien ; Masson, Patrick ; Moinat, Madelaine ; Pedruzzi, Ivo ; Poux, Sylvain ; Rivoire, Catherine ; Roechert, Bernd ; Schneider, Michael ; Stutz, Andre ; Sundaram, Shyamala ; Tognolli, Michael ; Bougueleret, Lydie ; Argoud-Puy, Ghislaine ; Cusin, Isabelle ; Duek- Roggli, Paula ; Xenarios, Ioannis ; Apweiler, Rolf

In: Nucleic Acids Research, 2012, vol. 40, no. D1, p. D565-D570

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