Faculté des sciences

Assessing soil micro-eukaryotic diversity using high-throughput amplicons sequencing : spatial patterns from local to global scales and response to ecosystem perturbation

Seppey, Christophe Victor William ; Mitchell, Edward AD (Dir.) ; Lara, Enrique (Codir.)

Thèse de doctorat : Université de Neuchâtel, 2017.

Les micro-eucaryotes exhibent une immense diversité qui remplit plusieurs fonctions essentielles dans les écosystèmes colonisés. Ces micro-organismes sont impliqués dans tous les niveaux trophique microbiens, interagissent entre eux ainsi qu’avec d’autre groupes d’organismes tel les procaryotes ou les macro-organismes, et influencent les cycles d’éléments comme ceux du carbone ou... Plus

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    Résumé
    Les micro-eucaryotes exhibent une immense diversité qui remplit plusieurs fonctions essentielles dans les écosystèmes colonisés. Ces micro-organismes sont impliqués dans tous les niveaux trophique microbiens, interagissent entre eux ainsi qu’avec d’autre groupes d’organismes tel les procaryotes ou les macro-organismes, et influencent les cycles d’éléments comme ceux du carbone ou de l’azote. Les diversités et écologie des micro-eucaryotes sont étudiées à partir de la morphologie de ces organismes et de plus en plus avec des méthodes moléculaire devenant plus abordable que jamais. Le séquençage haut débit de fragments d’ADN donnant une information taxonomique prise directement de l’environnement est maintenant le standard pour établir les communautés microbiennes et pratiquement saturer la diversité microbienne. Cette thèse profite des avancées dans cette technique pour étudier l’écologie des microeucaryotes des sols, organismes qui représentent la base de la plupart des écosystèmes terrestre et sont impliqué dans de critique questions écologique comme les changement climatique ou l’approvisionnement alimentaire. Les cinq chapitres suivent des communautés contraintes par différent niveaux de stress ou perturbation et distribuées autant sur de petite surfaces que sur le globe. Des analyses écologique classique et innovante sont utilisées dans ce travail pour couvrir des questions à propos de bioindication, fonctions, niveaux trophique, distribution spatiale et diversité de ce groupe de micro-organismes peu connu à l’immense diversité.
    Summary
    Micro-eukaryotes exhibit a huge diversity which fulfils many essential functions in the colonized ecosystems. These micro-organisms are involved in every level of microbial trophic networks. They interact with each other and with other biota like prokaryotes or macro-organisms, and influence element cycles like the carbon or nitrogen cycle. The diversity and ecology of micro-eukaryotes are studied based on morphological analyses and more and more with molecular methods which are increasingly affordable. High-throughput sequencing of taxonomically informative DNA fragments taken directly from the environment is now the golden standard to assess microbial communities and virtually saturate the microbial diversity. This thesis takes advantage of the advances in this technique to study the ecology of micro-eukaryotes in soils, which represent the basis of most terrestrial ecosystems and are involved in critical ecological issues like climate changes or food supply. The five chapters follow communities constrained by different levels of stress or perturbation and distributed from very limited areas to global ecosystems. Classical and innovative ecological analyses are used in this work to cover questions about the bioindication, functions, trophic networks, spacial distributions and diversity of these hyper-diverse and largely unknown micro-organisms.