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GeneFarm, structural and functional annotation of Arabidopsis gene and protein families by a network of experts

Aubourg, Sébastien ; Brunaud, Véronique ; Bruyère, Clémence ; Cock, Mark ; Cooke, Richard ; Cottet, Annick ; Couloux, Arnaud ; Déhais, Patrice ; Deléage, Gilbert ; Duclert, Aymeric ; Echeverria, Manuel ; Eschbach, Aimée ; Falconet, Denis ; Filippi, Ghislain ; Gaspin, Christine ; Geourjon, Christophe ; Grienenberger, Jean-Michel ; Houlné, Guy ; Jamet, Elisabeth ; Lechauve, Frédéric ; Leleu, Olivier ; Leroy, Philippe ; Mache, Régis ; Meyer, Christian ; Nedjari, Hafed ; Negrutiu, Ioan ; Orsini, Valérie ; Peyretaillade, Eric ; Pommier, Cyril ; Raes, Jeroen ; Risler, Jean-Loup ; Rivière, Stéphane ; Rombauts, Stéphane ; Rouzé, Pierre ; Schneider, Michel ; Schwob, Philippe ; Small, Ian ; Soumayet-Kampetenga, Ghislain ; Stankovski, Darko ; Toffano, Claire ; Tognolli, Michael ; Caboche, Michel ; Lecharny, Alain

In: Nucleic Acids Research, 2005, vol. 33, p. D641-D646

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    Titre
    • GeneFarm, structural and functional annotation of Arabidopsis gene and protein families by a network of experts
    Auteur
    • Aubourg, Sébastien. Unité de Recherche en Génomique Végétale (INRA/CNRS/UEVE) 2 Rue Gaston Crémieux, CP 5708, 91057 Evry Cedex, France
    • Brunaud, Véronique. Unité de Recherche en Génomique Végétale (INRA/CNRS/UEVE) 2 Rue Gaston Crémieux, CP 5708, 91057 Evry Cedex, France
    • Bruyère, Clémence. Institut de Biotechnologie des Plantes (CNRS/UPS) Bâtiment 630, Université Paris-Sud, 91405 Orsay Cedex, France
    • Cock, Mark. Station Biologique de Roscoff (CNRS/UPMC) Place Georges Tessier, BP 74, 29682 Roscoff Cedex, France
    • Cooke, Richard. Laboratoire de Physiologie et de Biologie Moléculaire des Plantes (CNRS/UP) and
    • Cottet, Annick. Laboratoire Plastes et Différenciation Cellulaire (CNRS/UJF) Université J. Fourrier, BP 53, 38041 Grenoble Cedex 09, France
    • Couloux, Arnaud. Institut de Biotechnologie des Plantes (CNRS/UPS) Bâtiment 630, Université Paris-Sud, 91405 Orsay Cedex, France
    • Déhais, Patrice. Plant Systems Biology (INRA/VIB/GU) K.L. Ledeganckstraat 35, 9000 Ghent, Belgium
    • Deléage, Gilbert. Institut de Biologie et Chimie des Protéines (PBIL/CNRS) 7 Passage du Vercors, 69367 Lyon Cedex 7, France
    • Duclert, Aymeric. Unité de Recherche en Génomique-Info (INRA/GENOPLANTE) 523 Place des Terrasses, 91000 Evry, France
    • Echeverria, Manuel. Laboratoire Génome et Développement des Plantes (CNRS/UP), 52 Avenue de Villeneuve, Université de Perpignan, 68860 Perpignan Cedex, France
    • Eschbach, Aimée. Institut de Biologie Moléculaire des Plantes (CNRS) 12 Rue du Général Zimmer, 67084 Strasbourg Cedex, France
    • Falconet, Denis. Laboratoire Plastes et Différenciation Cellulaire (CNRS/UJF) Université J. Fourrier, BP 53, 38041 Grenoble Cedex 09, France
    • Filippi, Ghislain. Unité de Recherche en Génomique Végétale (INRA/CNRS/UEVE) 2 Rue Gaston Crémieux, CP 5708, 91057 Evry Cedex, France
    • Gaspin, Christine. Equipe Statistique et Informatique (INRA) Chemin de Borde Rouge, Auzeville BP 27, 31326 Castanet-Tolosan, France
    • Geourjon, Christophe. Institut de Biologie et Chimie des Protéines (PBIL/CNRS) 7 Passage du Vercors, 69367 Lyon Cedex 7, France
    • Grienenberger, Jean-Michel. Institut de Biologie Moléculaire des Plantes (CNRS) 12 Rue du Général Zimmer, 67084 Strasbourg Cedex, France
    • Houlné, Guy. Institut de Biologie Moléculaire des Plantes (CNRS) 12 Rue du Général Zimmer, 67084 Strasbourg Cedex, France
    • Jamet, Elisabeth. Institut de Biologie Moléculaire des Plantes (CNRS) 12 Rue du Général Zimmer, 67084 Strasbourg Cedex, France
    • Lechauve, Frédéric. Station Biologique de Roscoff (CNRS/UPMC) Place Georges Tessier, BP 74, 29682 Roscoff Cedex, France
    • Leleu, Olivier. Plant Systems Biology (INRA/VIB/GU) K.L. Ledeganckstraat 35, 9000 Ghent, Belgium
    • Leroy, Philippe. UMR Amélioration and Santé des Plantes (INRA/UBP) 234 Avenue du Brézet, Domaine de Crouelle, 63039 Clermont-Ferrand Cedex 2, France
    • Mache, Régis. Laboratoire Plastes et Différenciation Cellulaire (CNRS/UJF) Université J. Fourrier, BP 53, 38041 Grenoble Cedex 09, France
    • Meyer, Christian. Laboratoire Nutrition Azotée des Plantes (INRA) Route de Saint-Cyr, 78026 Versailles Cedex, France
    • Nedjari, Hafed. UMR Amélioration and Santé des Plantes (INRA/UBP) 234 Avenue du Brézet, Domaine de Crouelle, 63039 Clermont-Ferrand Cedex 2, France
    • Negrutiu, Ioan. Laboratoire de Reproduction et Développement des Plantes (INRA/CNRS/ENS/UL) 46 Allée d'Italie, Université Lyon I, 69364 Lyon Cedex 07, France
    • Orsini, Valérie. Institut de Biologie Moléculaire des Plantes (CNRS) 12 Rue du Général Zimmer, 67084 Strasbourg Cedex, France
    • Peyretaillade, Eric. UMR Amélioration and Santé des Plantes (INRA/UBP) 234 Avenue du Brézet, Domaine de Crouelle, 63039 Clermont-Ferrand Cedex 2, France
    • Pommier, Cyril. Unité de Recherche en Génomique Végétale (INRA/CNRS/UEVE) 2 Rue Gaston Crémieux, CP 5708, 91057 Evry Cedex, France
    • Raes, Jeroen. Plant Systems Biology (INRA/VIB/GU) K.L. Ledeganckstraat 35, 9000 Ghent, Belgium
    • Risler, Jean-Loup. Laboratoire Génome et Informatique (CNRS) 523 Place des Terrasses, 91034 Evry, France and
    • Rivière, Stéphane. Laboratoire de Reproduction et Développement des Plantes (INRA/CNRS/ENS/UL) 46 Allée d'Italie, Université Lyon I, 69364 Lyon Cedex 07, France
    • Rombauts, Stéphane. Plant Systems Biology (INRA/VIB/GU) K.L. Ledeganckstraat 35, 9000 Ghent, Belgium
    • Rouzé, Pierre. Plant Systems Biology (INRA/VIB/GU) K.L. Ledeganckstraat 35, 9000 Ghent, Belgium
    • Schneider, Michel. Swiss Institute of Bioinformatics (Swiss-Prot) CMU, 1 Michel Servet, CH-1211 Genève 4, Switzerland
    • Schwob, Philippe. Laboratoire Plastes et Différenciation Cellulaire (CNRS/UJF) Université J. Fourrier, BP 53, 38041 Grenoble Cedex 09, France
    • Small, Ian. Unité de Recherche en Génomique Végétale (INRA/CNRS/UEVE) 2 Rue Gaston Crémieux, CP 5708, 91057 Evry Cedex, France
    • Soumayet-Kampetenga, Ghislain. Institut de Biologie Moléculaire des Plantes (CNRS) 12 Rue du Général Zimmer, 67084 Strasbourg Cedex, France
    • Stankovski, Darko. Institut de Biotechnologie des Plantes (CNRS/UPS) Bâtiment 630, Université Paris-Sud, 91405 Orsay Cedex, France
    • Toffano, Claire. Institut de Biotechnologie des Plantes (CNRS/UPS) Bâtiment 630, Université Paris-Sud, 91405 Orsay Cedex, France
    • Tognolli, Michael. Swiss Institute of Bioinformatics (Swiss-Prot) CMU, 1 Michel Servet, CH-1211 Genève 4, Switzerland
    • Caboche, Michel. Unité de Recherche en Génomique Végétale (INRA/CNRS/UEVE) 2 Rue Gaston Crémieux, CP 5708, 91057 Evry Cedex, France
    • Lecharny, Alain. Unité de Recherche en Génomique Végétale (INRA/CNRS/UEVE) 2 Rue Gaston Crémieux, CP 5708, 91057 Evry Cedex, France
    Type de document
    • Postprint
    Langue
    • Anglais
    Publié dans
    • Nucleic Acids Research, 2005, vol. 33, p. D641-D646. Oxford University Press
    Autre version électronique
    Classification
    • Santé
    Identifiant OAI-PMH
    • oai:doc.rero.ch:294856
    Summary
    Genomic projects heavily depend on genome annotations and are limited by the current deficiencies in the published predictions of gene structure and function. It follows that, improved annotation will allow better data mining of genomes, and more secure planning and design of experiments. The purpose of the GeneFarm project is to obtain homogeneous, reliable, documented and traceable annotations for Arabidopsis nuclear genes and gene products, and to enter them into an added-value database. This re-annotation project is being performed exhaustively on every member of each gene family. Performing a family-wide annotation makes the task easier and more efficient than a gene-by-gene approach since many features obtained for one gene can be extrapolated to some or all the other genes of a family. A complete annotation procedure based on the most efficient prediction tools available is being used by 16 partner laboratories, each contributing annotated families from its field of expertise. A database, named GeneFarm, and an associated user-friendly interface to query the annotations have been developed. More than 3000 genes distributed over 300 families have been annotated and are available at http://genoplante-info.infobiogen.fr/Genefarm/. Furthermore, collaboration with the Swiss Institute of Bioinformatics is underway to integrate the GeneFarm data into the protein knowledgebase Swiss-Prot